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小智一行人休息完一夜后，就继续前进，在接下来的三个小时内，他们都没有遇到什么神奇宝贝挡路，小智，小霞和小刚都感到十分诧异，在古代，神奇宝贝数量不是要比现代还多出不少吗？怎么现在一只神奇宝贝都没有看见呢？
又过了大概一小时，他们来到了一幢大楼旁，在当时已经可以算得上是一幢较为现代化的建筑了，有许多蒙面的人驾着马车，上面载着许多神奇宝贝，这些神奇宝贝不是昏迷就是暴躁地跳来跳去，但那些驾车的人却视而不见，把他们运进了大楼里。
“他们是在做什么啊？”小霞有些好奇地问道，“他们要把这些神奇宝贝用来做什么啊？”
“不知道，不过肯定不会是什么好事。”小智回答道，面色有些阴沉，“看情况，他们可能要用这些神奇宝贝做一些禁忌的实验。”
“小智说的应该不离十。神奇宝贝具有极其强大的直觉，他们既然如此暴躁，肯定是有什么可怕的事等待着他们。”小刚沉重地点了点头，说道。
“不如我们进去看看吧！”小霞好奇心作祟，又怂恿小刚和小智道。
“也好，倒要看看他们想要对这些神奇宝贝做些什么丧尽天良的事。”小刚和小智点了点头，然后就和小霞一起，潜入了大楼。
他们潜入大楼后，发现里面居然有电灯，是靠电系神奇宝贝发电的，这在当时应该算得上是创举吧。
他们又继续前进，来到了一个房间的门口，上面写着一行大字，“实验室，闲人莫入。”
“这应该就是所有一切的源头吧！”小霞说道，眼睛中闪现出了十足的好奇之色，“我们快进去吧。”
“好，但是我们必须要随时警惕，拿好自己的神奇宝贝球。”小刚有些老成地说道，谁知道他们接下来将要面对的究竟是怎样的敌人呢？
“我们先开一条门缝，看看情况吧。”小智说道，他们打开门，突然间发现里面有各种各样的仪器，丝毫不弱于现代，许多穿着白色大褂的人在里面走来走去，不停操控着复杂的机关，而许多神奇宝贝则被关在笼子里，在哭泣，一旁有一大堆类似于神奇宝贝的残骸。一个研究人员把一只小海狮扔进了一个像巨大胶囊一样的仪器里，然后摁下了开始键，只见一道诡异的绿光闪过，小海狮从原本的白色变为蓝色，所有的研究人员都惊喜极了，可是没过多久，小海狮就倒在了地上，与世长辞。
“他们在干什么！这些神奇宝贝都被他们折磨死了！”小霞从原本的好奇变为了惊恐，又从惊恐变为了愤怒，“他们的研究难道比这一条条鲜活的生命还重要吗？”
“他们这是在做把神奇宝贝人工改变成闪光神奇宝贝的实验，闪光神奇宝贝不但长得好，而且实力远超同级，一只闪光神奇宝贝足以抵得上五百金币了。”小智说道，看来在古代就已经有人开始对神奇宝贝做惨无人道的试验了。
“你们怎么可以这样！这些神奇宝贝都是被你们所杀害！”小霞再也忍不住了，跑了进去，大声地说道。
“怎么会有人闯进我们这个秘密的基地！”有一个研究人员惊讶地说道。
“别说废话，先把他们打趴下再说。”一个老者面露凶光，对一大群研究人员说道。
这些研究人员没想到都是神奇宝贝训练家，而且在他们的身上对别着徽章，至少是铂金级，其中甚至还有两个钻石级的神奇宝贝训练师。
他们拿出了各种奇怪的物品，然后把他们抛了出来，都是一些闪光的神奇宝贝，但是眼神黯淡，好像没有意识，如同一个个傀儡，他们的脖子上都挂着一块宝石，和研究人员手上的挂饰好像有着某种联系。
这些配饰也许就是他们控制神奇宝贝的手段吧！不然遭受如此痛苦的神奇宝贝有怎么会帮助伤害自己的人呢？小智想道，和这些衣冠禽兽比起来，火箭队的人绝对可以算得上是君子了，毕竟除了抛弃鲤鱼王，其他时候火箭队都是十分关心自己的神奇宝贝的。
“喷火龙！使用棚舍火焰！”“比雕！使用烈暴风！”“耿鬼，使用影子球。”无数的研究人员都发起了攻击，这傀儡一般的神奇宝贝都使出了自己的绝招，朝小智他们铺天盖地而来。
“都出来吧！”小智，小霞，和小刚把自己的所有除了传说中的神奇宝贝以外的神奇宝贝都放了出来。这些神奇宝贝的出现让研究人员有些失神，没有想到他们居然拥有如此之多的神奇宝贝，但立刻投入了战斗。
“ga进化！水箭龟！”小智让自己的水箭龟ga进化了，水箭龟身上的ga之石和小智手上的进化之石有无数的闪光连接在了一起，接着水箭龟身上出现了梦幻般的七彩光泽，接着他身上的两个炮筒就变为了三个，而且力量也好像比之前高了许多。
小智，小刚，小霞的神奇宝贝们都奋勇向那些闪光神奇宝贝发起了进攻，可尽管小智拥有好几十只神奇宝贝，但是还是比不上那些研究人员总共的将近一百的神奇宝贝，虽然这些闪光神奇宝贝的行动都有些呆滞，而且已经有超过一半的闪光神奇宝贝失去了战斗能力，小智这边还是慢慢显出了颓势，虽然没有神奇宝贝失去战斗能力，但都是强弩之末了。
“几位小朋友，我劝你们束手就擒，这样一来，叔叔阿姨们还可以考虑一下，留你们的性命。”一个三十几岁的妇女有些嘲讽意味地对小智他们说道，可是小智他们却不以为然，毕竟他们的传说中的神奇宝贝还没有登场呢！
“都回来吧，辛苦你们了。”小智他们把所有的神奇宝贝都收了回来，然后，小智的手上出现了两个大师球，小智把这两个大师球一抛，闪电鸟和捷克罗姆就登场了。闪电鸟和捷克罗姆看了一眼自己前方的三十多只神奇宝贝，满脸不屑，好像只要自己一出手就一定可以打败这些小渣渣。
“捷克罗姆，交织闪电！闪电鸟，电磁炮！”小智发出了指令，这两只传说中的神奇宝贝都遵从了，而且一击之下，就有十几只神奇宝贝当场失去战斗能力，接下来，两只神奇宝贝都开始了扫荡模式，没过多久，所有的神奇宝贝都被打趴下了。
“现在应该是你们束手就擒了吧。这样一来，我们可以考虑一下，说不定可以不杀你们哦！”小霞露出了狡诈地笑容，用刚刚那个妇女的口吻对这些面露不甘之色的研究人员说道。
“可恶！我们的神奇宝贝明明已经在同类中是最强的了，为什么还是打不过这几个乳臭未干的小孩子。”一个研究人员嘶吼般地说道。
“你们真是井底之蛙，虽然神奇宝贝闪光之后是可以获得强大的能量，但是和训练师的默契也是至关重要的，你们的神奇宝贝说到底只是你们的工具，并没有一点点可以加成的地方，相反还让他们受到了一些牵制。”小智冷漠地对他们说道，“如果你们现在就走，并且以创世神的名义发下誓言，我可以饶过你们。”
“好，我们发这个誓言！”所有的研究人员都不甘地看着小智，如果发下了这种大誓，自己违背的话说不定真得会被神罚，等到他们发好誓，就对小智说道，“我们可以走了吧！”
“先戒掉你们对这些神奇宝贝的控制。”小智说道，“就是你们手上的挂饰！”
“好！我们这就解！”研究人员没想到这个小子竟然连这个都发现了，就把神奇宝贝身上的宝石和自己手上的挂饰解开了，然后就灰头土脸地跑了。
小智他们都等了一会，神奇宝贝都慢慢恢复了神智，大多数神奇宝贝都立刻用处了自己的绝招，然后或飞或跑逃走了，虽然他们之前一直被控制，但是对四周的感觉仍然是有的，所以立刻逃离了这个梦魇一般的地方，但有几个神奇宝贝却留在了这里，有些亲切地看着小智他们，看来他们对这几个给自己自由的小孩子还是抱有一定的感激的，想要成为他们的神奇宝贝。
小智他们自然了解神奇宝贝的意愿，就拿出了神奇宝贝球，所有神奇宝贝都碰了一下自己所想要的神奇宝贝训练家，最终，小霞收服了一只金色的宝石海星，一只蓝色的金鱼王，但是因为自己身上已经有了六只神奇宝贝，所以神奇宝贝球上还是红色的。小刚则收服了一只蓝色的壶壶，也因没有足够空间而神奇宝贝球显示红色。小智收获最大，捕捉到了一只金色的喷火龙，一只蓝色的九尾和一只蓝色的烈焰马。小智把他们放进了翡翠空间，他们来到了这个神奇的地方，都感到大为惊奇，又看到这里有这么多神奇宝贝，都是小智刚刚用出来自然知道这里是小智神奇宝贝所居住的地方，和这里的神奇宝贝打了下招呼，就住了下来。火恐龙和小火马看到这里有自己的进化形态，就跑了过来，十分仰慕地看着他们，烈焰马和喷火龙看到他们，就开始对他们进行了培训，小火马和火恐龙也就快乐地训练了起来……
接着，小智他们埋葬好了这些已故的神奇宝贝，就踏上了征程……
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