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主政南京之后，吴应熊最关心的还是军事，因为马上要跟满清大战了，军事上做好准备，才能确保江南半壁江山。
吴应熊提拔阎应元为南京兵部侍郎后，便带着他去南京火器局视察。
阎应元的身材高大，双眉卓竖，目细而长曲，面赤有须，颇有云长再生之感。他也是使用大刀，和满云龙跟在吴应熊身后，并不说话。
南京兵器制造局位于南京城的北面，占地百余亩，里面有数十个作坊，这是明太祖朱元璋时期建造，建立的时间比北京的兵器制造局还早，规模也大。
吴应熊此次前去，并没有事先通知南京的工部，而是突然到访视察。此前，他已经将孙和斗、孙和京从京城招来南京兵器制造局当主事，提前来摸底。
吴应熊等人坐一辆八匹大马拉动的豪华马车，走了半个时辰的时间，来到南京兵器制造局的大门口。
“这南京兵器制造局规模比京城的大很多，有五六千人。”孙和斗和孙和京听说吴应熊来了，赶紧带人来迎接，汇报说。
孙和斗和孙和京的年纪比孙和鼎小几岁，但两人都有二十年余年制造兵器的研究经验，都是难得的人才，所以吴应熊对他们很看重。
“带我们进去看看再说吧。”吴应熊点了点头，转而对跟在身后的阎应元和满云龙道：“你们也跟本丞相一同进去看看吧，以后阎侍郎直接管这兵器制造局，多多费心。”
“是，丞相。”阎应元答应得很痛快，跟随在吴应熊身后一同走进南京的兵器制造局。
兵器制造局里面非常宽敞，叮叮当当正在生产刀剑，长枪，弓箭，铠甲，盾牌之类的冷兵器，几个人一起，像是独立的作坊。
吴应熊每视察到一个作坊，里面的诸多工匠便会停下手头的活参拜行礼。一连看了几个作坊，吴应熊问道：“怎么都是冷兵器，洋枪和西洋火炮在哪里生产？”
“回丞相，火枪和大炮的生产作坊都在后面边。”孙和京道。
“过去看看。”吴应熊吩咐道。
来到火器作坊，吴应熊一看，巨大的屋里面，竟然只有寥寥几个人在里面摆弄一些火药，生产大炮的人一个也没看到，所有工作台全都处于停工状态。
“这里的工匠都到哪里去了？”吴应熊很生气，皱着眉头问道。
“回丞相，近年工部的拨款极少，而火枪和大炮等火器造价昂贵，除了一些火药之外，原尚书大人史可法下令停止了火器的生产，工匠们没有事做，又发不上俸禄，那些匠人们都回家去了。”孙和斗解释，南京兵器制造局跟京城火炮厂一样缺少拨款，火枪和大炮等火器做工太过精细，造价又昂贵，才一直没有重新恢复生产。
“原先的火枪和大炮有没有存货？”吴应熊知道南京户部原来的官员都忙着内斗，哪有时间管这里的问道。
“回丞相，我清点了一下，还有三百支火绳枪，十门大炮。”孙和斗道。
“拿火枪来给我看看就行了。”吴应熊吩咐道。
很快，便有一名小管事去仓库取了一支火枪过来，跟吴应熊在京城火炮厂见到的差别不大，整支枪身有四尺多长，大约十几斤重的样子，吴应熊接过枪，递给阎应元，道：“你看看，这枪怎么样。”
阎应元接过火绳枪看了看后，摇了摇头：“这把火绳枪打鸟还差不多。难以上战场。”
吴应熊点点头，对孙和斗说：“孙主事，明日你就按照花名册将南京所有制造火器的工匠全部召集回来吧，火器的生产必须要尽快恢复，管理制度和匠人们的薪水，都按照京城火炮厂的经验来。”
“丞相，工部今年的拨款甚少，火器昂贵，若要恢复生产，需要大量饷银。”孙和斗说，“我以前去找过户部，户部也没钱。”
“这个你不用担心，火器生产的拨款我会从商业税中拨出。”吴应熊道，“以后火器的生产归阎应元的兵部直接管制，不由工部牵制，阎大人多费心。“
“下官领命。”阎应元道。
过来四五天，工匠们被召集回来，南京火器局重新开始恢复生产，阎应元进宫汇报：“火器已经全面停工了近两年，工匠只召回了大约七成，有三千多人。”
“好好干吧。”吴应熊点了点头，能诏回这么多的工匠已经很不错，道：“待火器局恢复生产之后，原先的火绳枪就不要生产了，全力生产最新式的米涅步枪，还有新式野战火炮，不必担心费用问题。”
阎应元道：“卑职领命。”
处理完南京火器局的事，过了一段时间，吴应熊便去视察南京水师。
吴应熊启用郑成功为南京水师提督的战略非常成功，此时的南京水师，在郑氏家族的帮助下，已经初现规模——吴应熊接管江南军政之后，采取以抚为主，以剿为辅的政策，积极招降各地的势力效忠大明；此时，郑芝龙坐拥整个福建，水师又无敌，自然是吴应熊急欲招抚的首要对象，而从郑成功下手，是再合适不过了。
郑芝龙是海寇出身，吴应熊知道他对明朝根本谈不上忠不忠心，郑家有强大的海军，大小战船只三千余艘，麾下包括福建的明军，有十多万人马，整个东南海疆都在其掌控之中，东西往来商船皆要向郑家交保护费，大船过往一次要交三千两；光是收保护费，郑家每年就收入几百万两，可谓是富可敌国。郑芝龙要的只是保住郑氏家族的利益，至于效忠大明，只不过是一个名义而已。
吴应熊提拔郑成功为南京水师提督，也是想试探一下郑芝龙对待朝廷的态度。
郑芝龙收到郑成功的家书后，知道了在南京发生的一切，他感觉这吴应熊不简单，他竟然在李自成的眼皮底下，将太子朱慈烺带走；而且凭他一己之力，将刘泽清说灭就灭了，而且他还很快稳定了南京的局势，他召集弟弟郑芝凤等人开会商议。
郑芝凤说：“大哥，这不是好事，我看吴应熊是想把侄儿留在南京牵制我们。”
郑芝龙说：“现在吴三桂父子挟天子以令诸侯，我们不便与他翻脸。如果福松真的执掌大明水师，对我们郑家来说，倒是好事，也是他建功立业的大好机会，我们不管怎么样，得帮他。”
“大哥，怎么帮侄儿？”郑芝凤问道。
郑芝龙说：“福松在家书上请你南上帮忙，你去吧，要是情况不对，你就将他带回福建。”
郑芝凤说：“大哥放心，我一定将侄儿安全带回了。”
于是，郑芝凤带着三十六艘四百料福船，二百多艘唬船、鹰船、沙船组成的舰队铺满了江面，浩浩荡荡开往南京，长江面上尽是白色船帆，层层如云，翻涌如涛。郑芝凤带去的三十多艘全新的福船，千斤佛朗机炮就有上百门，看起来就挺吓人的。
郑芝凤带着船队到了南京，帮助郑成功将大明原有的三百多艘战船整合成了一支颇具战斗力的大明水师。
南京水师的大营设立在了九洑洲上。这里长约有十五六里，宽在一二里至六七里之间，位于长江主航道以北，与北岸相隔一条十余丈宽的水带，江边尽是是芦苇和茅草，大约驻扎了一万大明水师，控制江浦至金陵的水上通道。
几百艘战船在江面摆开，颇有气势，旌旗随着江风怒号。
水上实战演习开始，战船开动，大炮升起，轰隆！轰隆！
炮声如雷，江面上硝烟如雾，风帆隐现，喊杀声，枪声炮声，如钱塘潮涌，一浪高过一浪……
吴应熊和郑成功、郑芝凤等人坐船观战，在甲板上，郑芝凤对吴应熊说：“丞相请看，咱们大明水师的战船，分为大福船和福船，大福般柁三重，底尖上阔，首尾高昂，能容数百战士，但它吃水太深，起止迟重，机动性能不好，不宜海战，宜加以改进。”
“哦，郑先生说得对，你往下细说。”吴应熊对郑芝凤的专业表示赞赏，道。
郑芝凤说：“福船底尖上阔，船首昂起张开，尾部高耸，吃水约一丈五，舰首可备红夷大炮1门、旁可设千斤佛郎机6门、碗口铳3门，迅雷炮二十门，喷筒一百个，其傍皆护板，护以茅竹，竖立如垣，其帆桅二道。中有四层，最下层装压舱石，第三层放置淡水柜，第二层为士兵住所。最上一层为露台，需从第三层的梯爬上，两旁用板翼作栏，人靠在上面作战，矢石火炮皆俯瞰而发，这样就为海战利器。”
“丞相，福船高大如城，非人力可驱，全仗顺风顺潮，而回翔有所不便，又其吃水深，惟利空阔大洋，在里海则易胶浅，须跟哨船接济。所以，我大明水师还应多造小型战船相配合，如草撇船、海沧船、苍山船。”郑成功接着说道，“而且只造战船并不足以海上致胜，还应多造小型兵船，如网梭船、鹰船、连环船、子母船、火龙船等辅助战船。”
“就按照你们的意思办吧，本丞相只提一个小小的建议，就是在船头和船身，其实可以是包铁，铁甲战船，想一想应该很牢固，抗撞击或者炮击能力应该会提升不少。”吴应熊说。
这个时代的战船，都是木质风帆的，对于铁甲战船没有概念，郑成功有点怀疑，说：“铁船难道不会沉么？”
“找工匠试一试吧，万一不沉呢？”吴应熊笑着对郑成功说：“钱不是问题，而且南京火器局将会为大明的战船配备最新式火炮，希望你们能为大明组训练出一支无敌水师，恢复我大明水师的昔日雄风！”
“好的，丞相，战船上的大炮是应该更换了，现在战舰上的火炮远不如荷兰人的大炮。”郑成功点点头说。
“你们好好干，朝廷绝对不会亏待。”吴应熊走过去拍了拍郑成功的肩膀，笑道：“只要你们训练好了大明水师，就会建立奇功，到时候皇上会亲自召见嘉奖你们。”