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章天雷下令收敛牺牲的台湾军烈士的遗骨，准备以后带回台湾安葬，虽然解决了鸟取的威胁，但是章天雷也没有打算去救援赤穗，他准备以伤亡太大为借口暂时驻守鸟取，大力修筑防御工事和码头，方便船队提供补给，和万一事不可为时方便撤退。
鸟取的战斗结束了，但是赤穗的大战还在进行，双方互有胜负，也都带来了大量的伤亡；接着双方再次分别增兵了两万人，一副不死不休的架势，看样子不是短期能够解决的；
林远清收到章天雷的信，向石见派了5000兵马，长崎只留了8000人；章天雷把石见的兵马调了4000到鸟取，剩下的都守在石见，把倭国的俘虏也都派往了矿山挖矿；但是对于前田利常确没有动他，只是把他看守了起来，准备战事结束后放其回家，到时再拉拢他以和前田家合作，到时就是全面占领倭国的时候。
等章天雷在鸟取修好了先期的防御和码头时，赤穗的战斗终于迎来了转机；他们双方经过两个月的大战，各自伤亡两万余人，最后不得已只能和谈；松浦隆信和岛津忠恒询问章天雷的意见，章天雷以不便插手倭国内务为由，拒绝露面，让他们自己做主进行和谈，到时是继续坚守还是撤退都听从他们的。
当然章天雷早就料定了，岛津忠恒和松浦隆信两家既然付出了这么大的代价，绝对不可能轻易把已经吃到嘴里的肉给吐出来，根本不可能就此撤退；
德川家光和岛津忠恒、松浦隆信三人在赤穗外进行了多场谈判，最终达成了休兵的盟约；
德川家光承认岛津和松浦两家对九州岛、四国岛、日本岛实际占领区的控制，双方以鸟取和赤穗一线为界，双方不得擅自越界；另岛津和松浦两家要承认德川家的幕府将军地位，并向德川幕府进献20万担粮食或等价银子。
虽然赤穗战役结束了，但是德川家光和岛津忠恒、松浦隆信三人都知道，这只是暂时的；现在他们大战一场没有分出胜负，继续战斗下去，只会削弱他们的实力，可能被有心之人利用，做了黄雀；所以干脆一拍即合，三方罢兵；都准备回去发展实力，找机会再次大战。
盟约签订罢兵之后，岛津忠恒、松浦隆信约林远清会谈，他们约定：长崎暂时归黄煜管理，三家在长崎进行贸易，九州岛剩余地方被岛津家和松浦家瓜分，另外岛津家占领四国岛，而松浦家占领了日本岛的大部，石见有黄煜派兵守卫，并提高了黄煜的份子到4成，但是黄煜要帮忙守住鸟取一线；
林远清又趁他们两家都在忙着消化这次大战的战利品时，把前田利常给放了回去，派遣海军占领了左渡岛，这也是黄煜来信交代的，因为左渡岛上有大型金矿，又离本岛有一段距离，以海军强大的实力，足以应付倭国舰队，也方便控制。
至此黄煜出兵倭国的目的基本达成，占领了长崎在倭国有了贸易中转站，又占领了石见银山和佐渡金矿，林远清调回章天雷让他总览倭国事务，他则是随王祥雨带着福建海军一起返回了福建，把陆军和台湾海军全部留在了倭国。
另一边黄煜则是在四川一边编练新军，一边拉拢原卫所军，并顺势开辟了长江商路，掌控了四川的硝石贸易，增加自己火药的产量。
还算是度过了一段时间的稳定期，黄煜也在四川度过了天启四年的新年，转眼就到了二月份，距离魏忠贤约定的平定叛乱还有两个月左右时间，经过几个月的训练湖广、云南、四川、贵州几地的新军已经基本成军，武器装备也都装备齐全，所以黄煜向几地同时下令，即刻出兵贵州，同时向水西进军，完成对水西的包围；
自奢崇明父子率余部败退水西龙场，联合贵州安邦彦，分兵犯永宁、ZY，被川军击退后，就退回到了毕节、水西等地盘踞在山林之间，安家在此地经营多年，给平叛带来很大的困难。所以现在安奢两家的叛军主要的势力就在毕节以东，ZY以南、贵阳以西、安顺以北这片区域。
刚好按照黄煜的计划，湖广的兵马从ZY南下、贵阳的兵马向西驱赶、云南的兵马从安顺向北进攻，二黄煜亲自率领人自成都出发，经毕节向东进攻；一共出动了兵马，准备一举解决次乱，不仅关乎朝廷的命令，更是因为他们扰乱国内，祸乱百姓，他辛辛苦苦都想得到的人口，不能就这样白白的损失掉。
安家大厅里，安邦彦和安效良、奢崇明等安奢两家的重要人物共同商议对策；
安邦彦率先开口道
“据探马来报，朝廷又派大军前来了，大家都说说该怎么办”
奢崇明率先开口说
“听说自去年朝廷改换了主将，新上任的主将是福建的总兵黄煜，我找人打听了，这个黄煜虽然也是通过阉党魏忠贤门路，当上的福建总兵，但是带兵还是有一套的；前两年还在海上击败了红毛夷，又挫败了安南的入侵；去年被调来后，并没有立即进攻我们，一直在训练新军，看来现在是准备好了，我们一定不能掉以轻心啊，”
安邦彦的侄子以前的水西宣慰使安位也说道
“是的，叔叔，这个黄煜上任之后不但没有立即进攻我们，更是没有重用以前的官军，而是自己编练新军，确实和以前的那些朝廷官员不同，我们一定要小心防备”
几人起兵都已经好几年了，经过多次朝廷的围剿，已经不像以前那样，蔑视一切，看不上朝廷官员；他们这几年有成功也有失败，所以更懂得主将的重要。
最后决定以逸待劳，利用他们对地形比较熟悉，伏击黄煜的大军。
黄煜带着军队向毕节进发，并给各部兵马下达命令，小心行事，不用急着赶路，稳扎稳打不要给叛军可乘之机。
经过半个月的行军各部终于抵达了预定位置，开始展开最后的战斗；
一路上黄煜率领军队向水西进发，路上遇到的抵抗越来越多，偶尔还会被敌军偷袭大营，但都被挫败了，四路大军分别在陆广、鸭池、三岔等要地，歼灭大股叛军，合计有余众。
终于顺利的会师水西；安奢两家的叛军被围困在水西和官寨两地的寨子里；他们已经没有任何希望，黄煜安排人去劝降，但是被安邦彦拒绝了。
大军休整一天后，在黄煜的命令下展开了总攻；
火炮轰鸣，只是几轮炮击就把木质的寨墙轰塌了一大段，各军一拥而上，迅速攻占了寨子的各处，叛军不甘于就此败亡展开了殊死的巷战，经过一上午的大战，最后除安邦彦和奢崇明不甘被俘，畏罪自杀；
安邦彦的儿子安武功、侄子安位，奢崇明的儿子奢寅、奢辰、奢震、奢政，等皆被俘；另剿灭叛军余人，俘虏余，还有一些少量的溃兵逃脱，但都是一些无关紧要的人，并派遣一部分军队前往追击了。
至此为祸乱四川、贵州、云南、湖广等地，四年之久的安奢之乱终于被完全平定；黄煜一边令人带着安邦彦和奢崇明的首级报捷朝廷，同时给魏忠贤去信，说明叛乱暂时平定，但是有一些后人遁入山林，需要慢慢清剿，希望魏忠贤能帮他在这个五省总督的位子上再做一段时间；
一边开始清理周围不安分的土寨，既然动用了大军，那么就要彻底解决掉那些不安定的因素，他准备把俘虏全部带到重庆，从重庆坐船运往海外，以充实人口。
黄煜等把周围的土寨全部清理了一遍后，就命令各部返回各自驻地，整编各省的军队，准备把这几省彻底变成他的势力，把几省的兵力都恢复满员的话，他手下的兵力怕是要达到50余万，他的实力就不是简单的翻倍那么简单了，在这个时代基本就没有敌手了。
黄煜没有返回四川而是直接去了湖广，湖广是产粮大省，自古就有湖广熟天下足的说法，平时朝廷也都是派遣重兵驻守的，所以他怕整编军队时出现什么问题，他不在一般的将领镇不住当地的将领。
返回湖广后当地的官员纷纷向黄煜表示恭贺，更是有楚王朱华奎亲自在王府设宴为黄煜庆功；黄煜之后采取了当时在福建的方法，只收兵权把朝廷的饷银等都给他们，平时的功劳也会给他们一份，所以整个兵权收回的还是非常的顺利。
这又是在湖广耽误了一个月，黄煜也把湖广的事安排好后，就启程回了台湾。